Thủ Phủ - Thành Thăng Long, gồm: 1 Phủ,2 Huyện,18 Phường (Xã-Tổng),Phố (Thôn-Lý)
- Xứ (Trấn, Phủ), đứng đầu quan Võ có Trấn Thủ (quan Tứ phẩm), đứng đầu quan Văn có Hiệp Trấn (quan Tứ phẩm), bên dưới giúp việc có quan Tham Trấn (quan Ngũ phẩm).
- Huyện, đứng đầu có Phân Tri (quan Thất phẩm) và Phân Suất (quan Thất phẩm), giúp việc có Tả Quản Lý và Hữu Quản Lý (quan Bát phẩm).
- Tổng (Xã - Phường), đứng đầu có Chánh Tổng (quan Cửu phẩm).
- Thôn (Làng - Lý), đứng đầu có Lý Trưởng tức Trưởng Thôn, chuyên phụ trách về hành chính, trưng thu thuế, lương thực,...
Khu vực do Quang Trung Nguyễn Huệ quản lý
Kinh đô
Trung tâm chính quyền đóng ở Phú Xuân, song sau đó vì hoàn cảnh chiến tranh, Quang Trung phải lo đối phó cả hai phía bắc (nhà Thanh) và nam (Nguyễn Ánh), nên ông có ý định chọn Nghệ An làm nơi đóng đô vì đây là trung tâm giữa hai đường ra vào.
Từ trước khi lên ngôi hoàng đế, Quang Trung đã định dời đô ra Lam Thành, Yên Trường đều không thành[5]. Tới khi lên ngôi, ông dự định thiên đô ra vùng đất thuộc Nghệ An, nằm giữa hai núi Quyết (Kỳ Lân) và Mèo (Phượng Hoàng), gọi là Phượng Hoàng Trung Đô. Ông đã tập trung nhiều thợ thuyền chuyên chở gỗ đá, gạch ngói để xây dựng thành tại đây. Phía trước thành có sông Lam chảy qua; thành được xây trên lầu Rồng 3 tầng cùng điện Thái Hòa và 2 dãy hành lang, xung quanh có các đồn, trên núi có kho lúa.
Thành xây dang dở thì Quang Trung qua đời, hành cung chưa kịp đổi tên thành cung điện. Vua nối nghiệp là Quang Toản vẫn tiếp tục ở lại Phú Xuân không xây Phượng Hoàng trung đô nữa[9]. Những dấu vết còn lại ngày nay ở vị trí thành xây dở là dấu thành trong và nền nhà cao 3 bậc ở mặt bắc, thành nam chỉ dài 300 m, thành tây dài 450 m, nền nhà cao mặt bắc cũng chỉ chừng 20 m[9].
Sơn Nam Thượng
Trấn Sơn Nam Thượng gồm có các phủ[10]:
- Phủ Thường Tín: gồm các huyện Thanh Trì (Thanh Trì, Hà Nội hiện nay), Thượng Phúc (Thường Tín, Hà Nội hiện nay), Phú Nguyên (tức huyện Phú Xuyên, Hà Nội hiện nay)
- Phủ Ứng Thiên, gồm có các huyện: Thanh Oai (tức huyện Thanh Oai, Hà Nội), Chương Đức (tức huyện Chương Mỹ, Hà Nội), Sơn Minh: tức huyện Ứng Hòa, Hà Tây cũ), Hoài An (phần nam huyện Ứng Hòa và một phần huyện Mỹ Đức, Hà Nội)
- Phủ Khoái Châu: gồm các huyện Đông Yên (nay là huyện Khoái Châu thuộc Hưng Yên), Kim Động (Kim Động hiện nay), Tiên Lữ (Tiên Lữ hiện nay), Thiên Thi (Ân Thi hiện nay), Phù Dung (Phù Cừ hiện nay)
Sơn Nam Hạ
Trấn Sơn Nam Hạ có trung tâm dời từ Phố Hiến sang Vị Hoàng, gồm có các phủ:
- Phủ Lý Nhân: tương đương tỉnh Hà Nam hiện nay; gồm các huyện: Nam Xang (huyện Lý Nhân, Hà Nam hiện nay), Kim Bảng (Kim Bảng hiện nay), Duy Tiên (Duy Tiên hiện nay), Thanh Liêm (Thanh Liêm hiện nay), Bình Lục (Bình Lục hiện nay)
- Phủ Thiên Trường (một phần Nam Định hiện nay): gồm các huyện Tây Chân (Nam Trực và Trực Ninh hiện nay), Giao Thủy (Giao Thủy và Xuân Trường hiện nay), Mỹ Lộc (Mỹ Lộc hiện nay), Thượng Nguyên (nam Mỹ Lộc hiện nay)
- Phủ Nghĩa Hưng (tức phủ Kiến Hưng thời Trần, một phần Nam Định hiện nay): gồm các huyện Đại An (Nghĩa Hưng hiện nay), Vọng Doanh (nam Ý Yên hiện nay), Thiên Bản (Vụ Bản hiện nay), Ý Yên (bắc Ý Yên hiện nay)
- Phủ Thái Bình (tỉnh Thái Bình hiện nay): gồm các huyện Thụy Anh (một phần Thái Thụy hiện nay), Phụ Dực (một phần Quỳnh Phụ hiện nay), Quỳnh Côi (một phần Quỳnh Phụ hiện nay), Đông Quan (một phần Đông Hưng hiện nay)
- Phủ Tân Hưng (Long Hưng thời Trần, phía tây bắc Thái Bình hiện nay): gồm các huyện: Ngự Thiên (một phần Hưng Hà hiện nay), Duyên Hà (một phần Hưng Hà hiện nay), Thần Khê (một phần Đông Hưng hiện nay), Thanh Lan (một phần Thái Thụy hiện nay)
- Phủ Kiến Xương (nam Thái Bình hiện nay) gồm các huyện: Thư Trì (một phần Vũ Thư hiện nay), Vũ Tiên (một phần Vũ Thư hiện nay), Chân Định (Kiến Xương hiện nay)
Kinh Bắc
Gồm có các phủ[11]:
- Phủ Từ Sơn gồm các huyện Đông Ngàn (huyện Từ Sơn tỉnh Bắc Ninh và huyện Kim Anh của tỉnh Phúc Yên cũ, tức là một phần huyện Sóc Sơn, Hà Nội hiện nay), Yên Phong (Yên Phong hiện nay), Tiên Du (Tiên Du hiện nay), Võ Giàng (một phần thành phố Bắc Ninh và huyện Quế Võ hiện nay), Quế Dương (Quế Võ hiện nay)
- Phủ Thuận An gồm các huyện: Gia Lâm (Gia Lâm và quận Long Biên hiện nay), Siêu Loại (Thuận Thành hiện nay), Văn Giang (Văn Giang hiện nay), Gia Định (Gia Bình hiện nay)
- Phủ Bắc Hà gồm các huyện: Tân Phúc (Đa Phúc cũ, một phần Sóc Sơn hiện nay), Kim Hoa (một phần Sóc Sơn hiện nay), Hiệp Hòa (Hiệp Hòa hiện nay), Yên Việt (Việt Yên hiện nay)
- Phủ Lạng Giang gồm các huyện Phượng Nhãn (một phần Yên Dũng hiện nay), Hữu Lũng (Hữu Lũng hiện nay), Bảo Lộc (Lạng Giang hiện nay), Yên Thế (Yên Thế và Tân Yên hiện nay), Lục Ngạn (Lục Ngạn và Lục Nam hiện nay)
Sơn Tây
Gồm các phủ[12]:
- Phủ Quốc Oai gồm các huyện: Từ Liêm (Từ Liêm hiện nay), Thạch Thất (Thạch Thất hiện nay), Đan Phượng (Đan Phượng hiện nay), Mỹ Lương (Mỹ Đức, Hà Nội và Lương Sơn, Hòa Bình hiện nay), Phúc Lộc (Phúc Thọ hiện nay)
- Phủ Tam Đái gồm có các huyện: Yên Lãng (Yên Lãng hiện nay), Yên Lạc (Yên Lạc hiện nay), Bạch Hạc (Vĩnh Tường hiện nay), Lập Thạch (Lập Thạch hiện nay), Phù Ninh (Phù Ninh hiện nay)
- Phủ Thao Giang gồm các huyện Sơn Vi (Lâm Thao hiện nay), Thanh Ba (Thanh Ba hiện nay), Hoa Khê (Cẩm Khê hiện nay), Hạ Hòa (Hạ Hòa hiện nay), Tam Nông (Tam Nông hiện nay).
- Phủ Đoan Hùng gồm các huyện Đông Quan (tương đương khu vực ngã ba sông Lô và sông Chảy hiện nay), Tây Quan (hữu ngạn sông Lô cạnh Phù Ninh hiện nay), Sơn Dương (Sơn Dương thuộc Tuyên Quang hiện nay), Đương Đạo (đông bắc Sơn Dương hiện nay), Tam Dương (Tam Dương, Vĩnh Phúc hiện nay)
- Phủ Quảng Oai gồm các huyện Minh Nghĩa (tức thị xã Sơn Tây và một phần Ba Vì hiện nay), Tân Phong (một phần Ba Vì hiện nay)
Hải Dương
Gồm các phủ[13]:
- Phủ Thượng Hồng gồm các huyện: Đường Hào (Mỹ Hào hiện nay), Đường Yên (Bình Giang hiện nay), Cẩm Giàng (Cẩm Giàng hiện nay), Thanh Miện (Thanh Miện hiện nay), Tứ Kỳ (Tứ Kỳ hiện nay), Vĩnh Lại (Vĩnh Bảo thuộc Hải Phòng hiện nay)
- Phủ Nam Sách gồm các huyện: Thanh Lâm (Nam Sách hiện nay), Chí Linh (Chí Linh hiện nay), Thanh Hà (Thanh Hà hiện nay), Tiên Minh (Tiên Lãng thuộc Hải Phòng hiện nay)
- Phủ Kinh Môn gồm các huyện: Giáp Sơn (Kinh Môn hiện nay), Đông Triều (Đông Triều hiện nay), An Lão (An Lão hiện nay), Nghi Dương (Kiến Thụy hiện nay), Kim Thành (Kim Thành hiện nay), Thủy Đường (Thủy Nguyên hiện nay), An Dương (An Dương hiện nay)
An Quảng
Gồm có 1 phủ[14]:
Lạng Sơn
Gồm 1 phủ[15]:
Thái Nguyên
Gồm các phủ[16]:
Cao Bằng
Tương đương tỉnh Cao Bằng hiện nay, gồm các châu: Thạch Lâm (Hòa An, Nguyên Bình và Thạch An hiện nay), Quảng Uyên (Quảng Uyên và Phục Hòa hiện nay), Thượng Lang (Trà Lĩnh và Trùng Khánh hiện nay), Hạ Lang (Hạ Lang hiện nay)
Tuyên Quang
Gồm có 1 phủ[17]:
Hưng Hóa
Gồm các phủ[16]:
- Phủ Gia Hưng gồm các huyện: Thanh Nguyên (Thanh Sơn và Thanh Thủy thuộc Phú Thọ hiện nay), Phù Hoa (Phù Yên thuộc Sơn La hiện nay), Mai Châu (nam Mai Châu thuộc Hòa Bình hiện nay), Mộc Châu (phần còn lại của Mai Châu thuộc Hòa Bình và Mộc Châu thuộc Sơn La hiện nay), Việt Châu (Yên Châu hiện nay), Thuận Châu (Thuận Châu hiện nay).
- Phủ Quy Hóa gồm các huyện: Văn Chấn (Văn Chấn thuộc Yên Bái hiện nay), Yên Lập (Yên Lập thuộc Phú Thọ hiện nay), Trấn Yên (Trấn Yên thuộc Yên Bái hiện nay), Văn Bàn (Văn Bản thuộc Lào Cai hiện nay), Thủy Vĩ (thành phố Lào Cai hiện nay)
- Phủ An Tây gồm các châu: Chiêu Tấn (Bình Lư và Phong Thổ hiện nay), Quỳnh Nhai (Quỳnh Nhai thuộc Sơn La hiện nay), Lai (thị xã Lai Châu và huyện Mường Tè hiện nay), Luân (giữa Quỳnh Nhai và Tuần Giáo hiện nay)
Thanh Hóa Ngoại
Gồm các phủ:
Thanh Hóa Nội
Gồm các phủ[18]:
- Phủ Thiệu Thiên (Thiệu Hóa) gồm các huyện Thụy Nguyên (Thiệu Hóa và Ngọc Lặc hiện nay), Vĩnh Ninh (Vĩnh Lộc hiện nay), Đông Sơn (Đông Sơn hiện nay), Lôi Dương (Thọ Xuân và một phần Thường Xuân hiện nay), Yên Định (Yên Định hiện nay), Cẩm Thủy, Thạch Thành (Thạch Thành hiện nay), Bình Giang (tây bắc Thạch Thành hiện nay).
- Phủ Hà Trung có các huyện: Hoằng Hóa (Hoằng Hóa hiện nay), Thuần Hựu (Hậu Lộc hiện nay), Tống Sơn (Hà Trung hiện nay).
- Phủ Tĩnh Gia có các huyện: Nông Cống (Nông Cống, Triệu Sơn và Như Xuân hiện nay), Ngọc Sơn (Tĩnh Gia hiện nay), Quảng Xương (Quảng Xương hiện nay).
- Phủ Thanh Đô có huyện Thọ Xuân (Thường Xuân hiện nay, khác với huyện Thọ Xuân hiện tại[19]) và các châu: Quan Gia (gần biên giới Lào hiện nay), Tầm (tây bắc Quan Hóa hiện nay), Lang Chánh (Lang Chánh hiện nay), Sầm (Sầm Nưa thuộc Lào hiện nay[20]).
Tương đương tỉnh Nghệ An và Hà Tĩnh hiện nay, gồm các phủ[21]:
- Phủ Diễn Châu gồm các huyện Đông Thành (Diễn Châu và Yên Thành hiện nay), Quỳnh Lưu (Quỳnh Lưu và một phần Nghĩa Đàn hiện nay)
- Phủ Anh Đô gồm các huyện: Hưng Nguyên (Hưng Nguyên hiện nay), Nam Đường (Anh Sơn và Nam Đàn hiện nay)
- Phủ Đức Quang gồm các huyện Thiên Lộc (Can Lộc hiện nay), Chân Phúc (Nghi Lộc hiện nay), Thanh Chương (Thanh Chương hiện nay), Hương Sơn (Hương Sơn và Hương Khê hiện nay), Nghi Xuân (Nghi Xuân hiện nay).
- Phủ Hà Hoa gồm các huyện Thạch Hà (Thạch Hà hiện nay), Kỳ Hoa (Kỳ Anh và Cẩm Xuyên hiện nay).
- Phủ Quỳ Châu (huyện Quỳ Châu hiện nay), gồm các huyện Thúy Vân và Trung Sơn
- Phủ Trà Lân gồm 4 huyện Tương Dương (Tương Dương hiện nay), Kỳ Sơn (Kỳ Sơn hiện nay), Vĩnh Khang (một phần Tương Dương hiện nay), Hội Nguyên (tả ngạn sông Lam từ Thanh Chương đến cửa Rào)
- Phủ Ngọc Ma gồm có châu Trịnh Cao (châu gồm 12 động) thuộc Lào hiện nay
- Phủ Lâm An chỉ có 1 châu Quỳ Hợp gồm 12 động và 11 sách, vốn là đất Bồn Man nay khoảng huyện Hương Khê Hà Tĩnh và huyện Nakai Khăm Muộn Lào, đầu nguồn của sông Ngàn Sâu[22]
- Phủ Trấn Biên: thuộc đất Lào hiện nay
- Phủ Trấn Ninh: gồm 7 huyện: Quang Vinh, Minh Quảng, Cảnh Thuần, Kim Sơn Thanh Vị, Châu Lang, Trung Thuận, đều thuộc Lào hiện nay.
Gồm có kinh thành Phú Xuân và các phủ[23]:
- Phủ Quảng Bình: gồm các huyện Kiến Lộc (Quảng Ninh tỉnh Quảng Bình hiện nay), Lệ Thủy (Lệ Thủy hiện nay), Minh Linh (Vĩnh Linh và Do Linh thuộc Quảng Trị hiện nay) và châu Bố Chính (Quảng Trạch, Bố Trạch, Tuyên Hóa tỉnh Quảng Bình hiện nay)
- Phủ Triệu Phong gồm các huyện Đăng Xương (Triệu Phong hiện nay), Hải Lăng (Hải Lăng hiện nay), Quảng Điền (Quảng Điền và một phần Phong Điền hiện nay), Hương Trà (Hương Trà và một phần Phong Điền hiện nay), Phú Vang (Hương Thủy và Phú Lộc hiện nay), Điện Bàn (Điện Bàn thuộc Quảng Nam hiện nay)
- Châu Thuận Chính (Bắc Bố Chính và Nam Bố Chính thời Trịnh-Nguyễn phân tranh được hợp lại, tương đương tỉnh Quảng Bình hiện nay)
- Châu Tỉnh An thuộc Lào hiện nay
Quảng Nam
Gồm các phủ[24]:
- Điện Bàn gồm các huyện Diên Phúc (Điện Bàn hiện nay), Hòa Vang (Hòa Vang hiện nay), Tân Phúc, An Nông, Phú Xuyên (đều thuộc tỉnh Quảng Nam)
- Thăng Hoa gồm các huyện Lễ Dương (Thăng Bình hiện nay), Hà Đông (Tam Kỳ hiện nay), Duy Xuyên (Duy Xuyên hiện nay)
Khu vực do Thái Đức Nguyễn Nhạc quản lý
Vùng do vua Thái Đức quản lý gồm có 2 phủ và 1 dinh:
Khu vực do Nguyễn Ánh quản lý
Sau khi được Đỗ Thanh Nhân đưa lên làm chúa, Nguyễn Ánh đã chia địa bàn Nam Bộ do mình quản lý thành các dinh[25][26]:
- Dinh Tổng Biên, gồm có 1 huyện Phước Long (một phần Bình Phước hiện nay) và 4 tổng: Tân Chánh (ngoại thành thành phố Hồ Chí Minh hiện nay), Bình An (ngoại thành thành phố Hồ Chí Minh hiện nay), Long Thành (nam Đồng Nai), Phước An (Bà Rịa – Vũng Tàu và một phần Đồng Nai hiện nay)
- Dinh Phiên Trấn, gồm có 1 huyện Tân Bình và 4 tổng: Bình Dương (Bình Dương hiện nay), Tân Long (một phần Tiền Giang hiện nay), Phước Lộc (ngoại thành thành phố Hồ Chí Minh hiện nay), Bình Thuận (Bình Thuận hiện nay)
- Đổi Dinh Long Hồ làm Hoằng Trấn, gồm 1 châu Định Viễn (Vĩnh Long hiện nay) và 3 tổng: Bình An, Bình Dương, Tân An
- Thăng đạo Trường Đồn có vị trí quan trọng lên thành dinh Trường Đồn, đến năm 1781 đổi thành dinh Trấn Định, gồm 1 huyện Kiến An (một phần Tiền Giang và Bến Tre hiện nay) và 3 tổng: Kiến Đăng (phía nam Đồng Tháp và phía đông Tiền Giang hiện nay), Kiến Hưng (phía tây Tiền Giang và Bến Tre hiện nay), Kiến Hòa (phần ven biển của Tiền Giang và Bến Tre hiện nay)
Sau khi chiếm được Bình Khang và Diên Khánh là vùng lãnh thổ phía nam của Nguyễn Nhạc, Nguyễn Ánh đặt lại dinh như thời chúa Nguyễn Phúc Khoát:
- Dinh Bình Khang (Khánh Hòa ngày nay), gồm có phủ Bình Khang, phủ Diên Khánh
